为了独立自主地发展我国原子能事业，1956年国家决定在清华大学、哈尔滨工业大学、交通大学开始办电子计算机专业。交通大学委派5人参加中科院主办的第一期中国计算机训练班。由于1955年国务院决定将交通大学迁往西安，从1956年开始，原交大的电气学科，包括电机系、电力系的大部分和无线电、电讯学科等全部迁往西安，故交通大学第一期计算机训练班学员学成后全部迁往西安。1957年4月17日高教部批准交通大学（西安校区）从下学期开始增设电子计算机专业。

        1958年11月因国家和上海发展的需要，经高教部批准，上海交大由电机系负责筹建，重建无线电系，下设计算机、自动控制、无线电（信息工程、电子科学专业的前身）三个专业。师资从西安交大的发电、电机专业和上海交大的船电、电力机车等专业的高年级学生中抽调部分学生任预备教师，并分别派往西安交大、清华大学、哈工大、中国科学院计算机研究所、成都电讯学院进修。

        1960年，无线电系由学校定为保密系，定名为四系，下设430教研组（计算机专业）。同年，五系（自动控制系）成立，下设520教研组（计算机专业）。

        1964年夏，部分人员参加华东计算技术研究所的X-2机研制。另一部分人员赴哈尔滨军事工程学院学习和引进441-B晶体管计算机,并承担了一系列军工科研任务：早期的441—B机的研究和仿制任务；红四，八一四项目警戒雷达的数字测距系统；J—501快艇火炮射击指挥仪和０９-Ⅰ核动力潜水艇鱼雷射击指挥仪的设计与研制任务等。1966—1983年，先后完成了“艇用数字式鱼雷射击指挥仪”、“艇用火炮数学式射击指挥仪”、“远程警戒系统数学测距装置”、“导弹控制系统测距码盘”等项目的研制。其中“艇用数字式鱼雷射击指挥仪”荣获全国科学大会重大科技成果奖。

        1972年专业划归电子工程系，恢复成立计算机专业。分成软件和硬件两个组，统称计算机教研室。1975年专业划归新成立的自动控制及计算机系，分成电子计算机和计算机软设备两个专业，分别招生。1978年电工及计算机科学系成立。电子计算机专业和计算机软设备专业合并成计算机科学技术专业，属于电工及计算机科学系，学制统一为四年。1980年校长办公会议审定计算机科学技术成为学校首批申请硕士学位的学科（专业）。

        上海交大于1984年底筹建电子电工学院，建立了计算机科学与工程系，计算机专业从此成为一个独立的系。计算机系由系统结构、计算机软件和计算机应用3个学科组、计算机技术和计算机音乐两个实验室以及一个计算机房组成。同年，计算机科学与技术研究所成立。

        1986年6月17日校学位评定委员会根据《关于下放硕士学位授权学科、专业审批权试点工作的通知》的精神，对包括“计算机组织及系统结构”等8个二级学科逐一进行审核，同意这8个二级学科具有授予硕士学位的资格。1990年11月21日“计算机科学理论”成为自行审批硕士学位授权的专业。1998年11月16日经国家人事部组织专家“设站评审”，“计算机科学与技术”博士后流动站获得通过。1999年12月31日，计算机应用技术、计算机软件及理论等21个学科被评为校重点学科，得到了 “211”“985”工程以及学校用于重点学科启动经费的资助。

        “计算机软件”1979年开始招收硕士生，1985年开始招收博士生，是国内较早具有硕士、博士学位授予权的学科之一。“计算机系统结构”1986年开始招收硕士研究生。“计算机应用”1979年开始招收硕士研究生，是首批具有硕士学位授予权的学科之一。“计算机科学理论”1991年开始招收研究生。自84年建系，经过十几年的努力，计算机系成为了培养本科直至博士后的摇篮。1988年在全国29所高等工科院校计算机专业教学质量评估中名列前茅。1989年“计算机及应用专业教学改革与专业建设”荣获国家级优秀教学成果奖，同时获上海市优秀教学特等奖。1990年荣获上海高校计算机专业教学质量评估首位。并获上海市计算机专业软件、系统结构和计算机应用三个硕士评估的A级。

        新世纪依始，随着信息技术的迅速发展，计算机学科新的研究方向也不断涌现，根据国家发展新技术的战略目标，计算机系将“在人才培养、科研水平和学术研究上与世界一流学科接轨”作为本系的长期坚持的建设目标。2000年计算机系“计算机科学与技术”获一级学科博士授予权，2001年被评为国家重点学科。2007年“计算机应用”二级学科申报重点学科成功，“计算机科学与技术”一级学科成为国家一级重点学科。在由教育部学位与研究生教育发展中心进行的学科评估中2006年排名全国计算机学科第6名，2012年排名第4名。

        上海交通大学计算机科学与技术学科的建立可追溯到1958年，1984年成立计算机科学与工程系。本系于1998年获博士后流动站，2000年获得该一级学科博士学位授予权，2002年“计算机软件与理论”获批为国家重点学科，2007年，“计算机应用技术”方向申报国家重点学科获得成功，从而使上海交大计算机系“计算机科学与技术”一级学科成为国家重点一级学科。根据2012年教育部学位与研究生教育发展中心公布的中国计算机科学与技术学科一级学科排名，本学科位列全国参评高校的第四名。

        2008年，计算机系与微软亚洲研究院共建的“智能计算与智能系统”联合实验室为教育部列为“教育部-微软重点实验室”。2010年建立上海市“可扩展计算与系统”重点实验室和省部共建国家重点实验室培育基地。2011年获得“数据中心关键技术”教育部创新团队。

        据Thomson公布的最新ESI（Essential Science Indicators）统计数据显示，截止2012年12月31日，上海交通大学计算机学科排名稳居全球前1%（近十年数据），其中按论文总数排序为第11位，被列入统计的高水平论文数为1610篇；按引用排序为第97位，被引次数为3075。特别是近五年来，上海交大计算机学科的科研产出增长非常迅速，五年累计的ESI论文数为758篇，排在全球第8，引用数为1504，排在全球第36。

        自2009年以来，上海交通大学计算机学科共承担或参与973项目12项；主持或参与863项目10项；国家重大科技专项3项；国际科技支撑计划1项；国家自然科学基金共立项76项，其中重点5项，国际合作1项，重大研究计划培育2项。

本学科目前以以下5个方向为主要研究方向：

•         计算机科学理论与软件。研究目标是研究计算与交互的内在属性，其研究对象几乎涵盖现代计算在行为方面的所有问题。目前该方向的研究工作包括λ演算、并行计算模型理论与应用、编程语言、类型理论、计算机科学的逻辑、算法与复杂性等。某些成果或国际同行高度评价并获国际A类会议最佳论文。
•         并行分布式计算与计算机网络。研究目标是探索并行分布式计算和网络的基本理论与关键技术。本方向在普适计算、网格计算、编译与优化、高性能计算、无线传感网络和嵌入式系统等方向具有一流的研究水平。
•         密码与信息安全。主要研究内容包括：密码算法的设计、分析与应用，数论和公钥密码系统，基于身份与阈值的密码体制，信息与通信系统安全的设计与评估，安全协议与形式化方法评估的设计与分析，硬件和软件安全，侧信道攻击和保护，信息理论与安全信道编码，网络安全，内容保护与取证等。该方向的工作被公认为国内领先、国际一流，是国际上相关研究的主要据点之一。
•         智能人机交互。主要研究内容包括：仿脑计算、人工神经网络、机器学习、计算机视觉、模式识别、医学图像处理、计算机图形学、虚拟现实、数字媒体、 Web语义与信息检索、语言技术和应用、生物信息学、脑机接口。在国际顶级会议和期刊发表多篇论文，成果被中央电视台等多家媒体报道。
•         计算机应用。研究领域包括E-Learning, 生物计算与系统生物学,计算机辅助设计与制造，知识集成与知识管理等。成果获得上海市科技进步一等奖，国家科技进步二等奖，国家级教学成果奖一等奖等。

在延续传统学科架构的同时，计算机系根据计算机学科本身的发展以及社会需求,通过人才引进和师资构成，逐步发展为七个研究所，分别是：

• 并行与分布计算
• 高可靠软件与理论
• 计算机体系结构
• 计算机应用
• 密码与信息安全
• 网络与服务计算
• 智能人机交互